年末調整と確定申告、どちらも税金の精算手続きですが、会社員として働きながら副業をしている方や医療費控除を受けたい方は「両方必要なのか？」と混乱することも多いのではないでしょうか。特に副業収入が増えてきた方にとって、正しい手続きを理解していないと、税務署から指摘を受けたり、本来受けられる控除を逃してしまったりするリスクがあります。

この記事では、年末調整と確定申告の違いを基礎から丁寧に解説し、会社員が副業をしている場合にどちらの手続きが必要なのか、医療費控除や住宅ローン控除を受ける際の手続き方法、そして両方を行う場合の具体的な進め方まで、税務の専門知識をもとにわかりやすく説明します。

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年末調整と確定申告の基本的な違い

年末調整と確定申告は、どちらも所得税を正しく計算して精算する手続きですが、対象者や手続きの方法が大きく異なります。まずはそれぞれの基本を理解しましょう。

年末調整とは

年末調整は、給与所得者（会社員やアルバイト）を対象に、勤務先の会社が行う税金の精算手続きです。毎月の給与から源泉徴収されている所得税は概算のため、年末に1年間の正確な所得税額を計算し直し、過不足を調整します。

年末調整で適用できる主な控除は以下の通りです：

• 基礎控除
• 配偶者控除・配偶者特別控除
• 扶養控除
• 社会保険料控除
• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 小規模企業共済等掛金控除
• 住宅ローン控除（2年目以降）

確定申告とは

確定申告は、納税者本人が税務署に対して1年間の所得と税額を申告する手続きです。個人事業主やフリーランスはもちろん、給与所得者でも一定の条件に該当する場合は確定申告が必要になります。

確定申告の期間は例年2月16日から3月15日まで（令和6年分の申告は令和7年2月17日から3月17日まで）で、前年1月1日から12月31日までの所得について申告します。

▲ 確定申告の基本手順を解説した動画

年末調整と確定申告の比較表

会社員で副業がある場合の確定申告義務

会社員として本業で働きながら副業をしている方が増えていますが、副業収入がある場合、確定申告が必要になるケースがあります。ここでは具体的な基準を解説します。

副業収入20万円超で確定申告が必要

会社員が副業をしている場合、給与所得以外の所得が年間20万円を超える場合には確定申告が必要です。この「20万円」は収入ではなく「所得」（収入から必要経費を差し引いた金額）であることに注意が必要です。

副業の種類による所得区分

副業の内容によって所得の種類が異なり、それぞれ計算方法も変わります：

• 事業所得: 継続的・反復的に行う事業（フリーランス、コンサルティングなど）
• 雑所得: 一時的・散発的な副業（アフィリエイト、原稿料、講演料など）
• 不動産所得: 不動産の賃貸収入
• 給与所得: アルバイト・パートなど雇用契約に基づく収入

副業が給与所得の場合

アルバイトやパートなど、雇用契約に基づく副業は「給与所得」に該当します。この場合、本業と副業の給与を合算した金額で年末調整を行うのが原則ですが、実務上は以下のような対応になります：

• 本業の会社で年末調整を受ける
• 副業の給与については確定申告で精算する
• 副業の源泉徴収票も必要になる

副業の給与収入が少額でも、2か所以上から給与を受けている場合は原則として確定申告が必要です。ただし、年末調整を受けた主たる給与以外の給与収入と、その他の所得の合計が20万円以下であれば、確定申告は不要となります。

医療費控除と年末調整の関係

医療費控除は年末調整では適用できないため、会社員でも確定申告が必要になる代表的なケースです。医療費控除の仕組みと手続き方法を詳しく見ていきましょう。

医療費控除は年末調整で受けられない

医療費控除は、年末調整では適用できず、必ず確定申告が必要です。これは医療費控除が「医療費の領収書や明細書の確認が必要な控除」であり、会社では判断できないためです。

医療費控除の要件と金額

医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5%）を超えた場合に、超えた金額を所得から控除できる制度です。

控除対象となる医療費の範囲：

• 病院・診療所での治療費
• 処方された薬代
• 通院のための交通費（公共交通機関）
• 歯科治療費（保険外診療も含む）
• 介護サービス費用の一部
• 出産費用