確定申告の時期が近づくと「医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらを選べばいいの？」と悩む個人事業主やフリーランスの方は多いのではないでしょうか。両制度は併用できないため、どちらが有利かを正しく判断する必要があります。さらに医療費控除には「10万円の壁」があり、少額の医療費では控除を受けられないケースも。この記事では、医療費控除とセルフメディケーション税制の違いから、確定申告での具体的な手続き方法、そしてどちらを選ぶべきかの判断基準まで、実務に役立つ情報を網羅的に解説します。

医療費控除とセルフメディケーション税制の基本

まずは両制度の基本的な仕組みを理解しましょう。医療費控除とセルフメディケーション税制は、どちらも所得税・住民税の負担を軽減できる制度ですが、対象となる支出や要件が大きく異なります。

医療費控除の基本

医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から控除できる制度です。自分だけでなく、生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費も合算できます。

• 病院・診療所での治療費や診察費
• 処方箋に基づく医薬品の購入費
• 入院時の部屋代や食事代（差額ベッド代は原則対象外）
• 歯科治療費（一般的な治療に限る）
• 通院のための交通費（公共交通機関）
• 介護保険サービスの一部

セルフメディケーション税制の基本

セルフメディケーション税制は、平成29年（2017年）1月から導入された医療費控除の特例です。健康維持・疾病予防への取組を行っている人が、対象となるOTC医薬品（スイッチOTC医薬品）を購入した場合に適用できます。

対象となるOTC医薬品は、従来は医師の処方箋が必要だった医薬品を、薬局などで購入できるようにしたもので、令和6年（2024年）時点で約1,800品目が指定されています。風邪薬、胃腸薬、湿布薬、目薬など、身近な医薬品が多く含まれます。

適用要件の違い

セルフメディケーション税制には、医療費控除にはない「健康維持・疾病予防への取組」という要件があります。具体的には以下のいずれかを実施している必要があります。

• 特定健康診査（メタボ健診）
• 予防接種（インフルエンザなど）
• 定期健康診断（事業主健診）
• 健康診査（自治体が実施する健康診査）
• がん検診

医療費控除の「10万円」とセルフメディケーションの「12,000円」

両制度の大きな違いは、控除を受けるための最低金額です。この「足切り額」の違いが、どちらの制度を選ぶかの重要な判断基準となります。

医療費控除の計算方法

医療費控除額は以下の計算式で算出されます。

つまり、原則として年間の医療費が10万円を超えないと控除を受けられません。ただし、総所得金額等が200万円未満の人は、所得の5%が足切り額となるため、より少ない医療費でも控除が受けられる可能性があります。

セルフメディケーション税制の計算方法

セルフメディケーション税制では、足切り額が12,000円と大幅に低くなっています。

年間の対象医薬品購入費が12,000円を超えれば控除を受けられるため、医療費が比較的少ない人でも利用しやすい制度です。ただし、控除額の上限は88,000円までとなっています。

どちらを選ぶべき？判断基準と具体例

医療費控除とセルフメディケーション税制は同時に適用できません。どちらか一方を選択する必要があるため、より有利な方を選ぶことが節税のポイントです。

選択の基本的な考え方

一般的には、以下の基準で判断すると良いでしょう。

具体的なケーススタディ

実際の数字で比較してみましょう。

【医療費控除の場合】
控除額 = 10万円 − 10万円 = 0円

【セルフメディケーション税制の場合】
控除額 = 3万円 − 1.2万円 = 1.8万円

→ このケースではセルフメディケーション税制が有利

【医療費控除の場合】
控除額 = 20万円 − 10万円 = 10万円

【セルフメディケーション税制の場合】
控除額 = 2万円 − 1.2万円 = 0.8万円

→ このケースでは医療費控除が有利