中小企業の電子帳簿保存法対応｜社内ルール策定と保存システムの選び方

「電子帳簿保存法が改正されたって聞いたけど、何から手をつければいいの？」「中小企業でも本当に対応が必要？」多くの中小企業の経理担当者や経営者が、電子帳簿保存法（電帳法）への対応に頭を悩ませています。2024年1月からは電子取引データの保存が義務化され、猶予措置はあるものの確実な対応が求められています。

この記事では、中小企業が電子帳簿保存法に対応するために必要な社内ルールの策定方法から、自社に最適な保存システムの選び方まで、実務に即して徹底解説します。会計屋.comでは、複雑な法改正の内容をわかりやすく整理し、明日から実践できる具体的な手順をお伝えします。

システム導入だけでなく、経理業務のペーパーレス化を実現し、業務効率化につなげるポイントまで網羅していますので、ぜひ最後までお読みください。

電子帳簿保存法とは？中小企業が知るべき基本と改正内容

電子帳簿保存法（電帳法）は、国税関係の帳簿や書類を電子データで保存するためのルールを定めた法律です。令和3年度および令和5年度の税制改正により大きく見直され、中小企業にも大きな影響を及ぼしています。

電帳法が適用される3つの区分

電子帳簿保存法は、保存方法によって大きく3つに区分されます。

電子帳簿保存法の3つの区分を示した図解 — 電帳法の3区分：電子帳簿等保存、スキャナ保存、電子取引データ保存

電子帳簿等保存：会計ソフトで作成した帳簿や決算書類を電子データのまま保存する方法（任意）
スキャナ保存：紙で受領した請求書や領収書をスキャンして電子保存する方法（任意）
電子取引データ保存：電子メールやクラウドサービスで授受した請求書等を電子データのまま保存する方法（義務）

注意：特に重要なのが「電子取引データ保存」です。2024年1月以降は、電子で受け取った取引情報は電子のまま保存することが義務化されています。メールで届いた請求書をプリントアウトして保管するだけでは要件を満たしません。

令和5年度改正の重要ポイント

令和5年度税制改正により、2024年1月1日以降の電子取引については以下の対応が義務化されました。ただし、一定の猶予措置も設けられています。

項目	内容
検索機能の確保	取引年月日、取引金額、取引先で検索できるようにする（基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者等は不要）
真実性の確保	タイムスタンプまたは訂正削除の履歴が残るシステムを利用
猶予措置	相当の理由がある場合、税務調査時にデータをダウンロードできれば一定の要件緩和あり

中小企業が対応すべき優先順位と実務スケジュール

電帳法への対応は、すべての項目を一度に実施する必要はありません。中小企業が効率的に対応するための優先順位とスケジュールを整理します。

優先度：高「電子取引データ保存」から着手

最優先で対応すべきは電子取引データの保存です。これは義務であり、対応しないと税務調査で問題となる可能性があります。

STEP 1：現状把握
まず自社でどのような電子取引があるかを洗い出しましょう。一般的には以下のようなものが該当します。

メールで受信する請求書・領収書のPDFファイル
クラウド会計サービスからダウンロードする明細
Amazonなどのネット通販の購入履歴
交通系ICカードの利用明細
クレジットカードの利用明細データ
インターネットバンキングの取引明細

STEP 2：保存方法の決定
自社の規模や取引量に応じて、保存方法を選択します。取引数が少ない小規模事業者は、Excelやクラウドストレージでの管理も可能です。

STEP 3：社内ルールの策定
誰が、いつ、どのように保存するかを明確にした社内規程を作成します（詳細は後述）。

電子取引データ保存の実務フロー図 — 電子取引データ受領から保存までの標準的なフロー

優先度：中「スキャナ保存」の検討

紙の請求書や領収書が多い企業は、スキャナ保存の導入を検討しましょう。これは任意ですが、ペーパーレス化による業務効率化のメリットがあります。

ポイント：令和5年度改正により、スキャナ保存の要件が大幅に緩和されました。事前承認制度が廃止され、スマホやデジカメでの撮影も正式に認められています。ただし、受領後「速やか」（約7営業日以内が目安）にスキャンする必要があります。

優先度：低「優良な電子帳簿」は余裕があれば

会計ソフトで作成した帳簿を一定の要件を満たして保存する「優良な電子帳簿」は、過少申告加算税の軽減措置が受けられますが、中小企業にとっては必須ではありません。電子取引データ保存が軌道に乗ってから検討すれば十分です。

▲ 電子帳簿保存法の基本と対応手順をわかりやすく解説

社内規程の作り方｜電子取引データ保存ルールの策定手順

電子帳簿保存法に対応するには、明確な社内ルールが必要です。税務調査の際にも、適切な規程があることで対応の正当性を示せます。

必ず盛り込むべき6つの項目

国税庁の「電子帳簿保存法取扱通達」を踏まえると、社内規程には以下の項目が必要です。

項目	記載内容例
1. 対象となる取引	電子メールで受領する請求書、ネット通販の購入データ、クレジットカード明細等、具体的に列挙
2. 保存場所	社内サーバーの特定フォルダ、クラウドストレージの特定領域など
3. 保存形式とファイル命名規則	PDF形式、ファイル名は「日付_取引先名_金額.pdf」など
4. 検索機能の確保方法	Excel索引簿の作成、システムの検索機能活用など
5. 真実性の確保方法	タイムスタンプの付与、訂正削除履歴が残るシステムの利用、または定期的なバックアップ等
6. 責任者と運用体制	保存責任者（経理部長など）、実務担当者、チェック体制

小規模事業者向けシンプル規程のサンプル

従業員が少ない中小企業では、以下のようなシンプルな規程でも十分対応可能です。

【電子取引データ保存規程（簡易版）】

第1条（目的）本規程は、電子帳簿保存法に基づき、電子取引データの保存方法を定める。

第2条（対象データ）メール添付の請求書・領収書PDF、ネット通販の購入履歴、クレジットカード明細等