インボイス制度の導入により、適格請求書の発行や保存が義務化され、会計ソフトの選択が事業運営に大きく影響するようになりました。「自分の会計ソフトはインボイスに対応しているのか」「登録番号の設定方法が分からない」と不安を感じている個人事業主やフリーランスの方も多いのではないでしょうか。

この記事では、主要な会計ソフトのインボイス対応状況を徹底比較し、各ソフトでの登録番号設定方法を具体的に解説します。freee、弥生、マネーフォワードなど人気ソフトの機能比較から、実務での活用ポイントまで、2026年の最新情報をもとにお伝えします。

会計ソフトを適切に設定することで、インボイス制度への対応はもちろん、日々の経理業務を大幅に効率化できます。自分に最適なソフト選びと正しい設定方法を確認していきましょう。

インボイス制度と会計ソフトの関係

令和5年10月1日に開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除を受けるために適格請求書の発行と保存を義務付ける制度です。この制度により、会計ソフトに求められる機能も大きく変化しました。

会計ソフトに必要なインボイス対応機能

インボイス制度に対応するためには、会計ソフトに以下の機能が必要です。

• 適格請求書発行事業者登録番号の記載機能：請求書や領収書にT+13桁の登録番号を自動表示
• 税率区分の明確な記載：8%（軽減税率）と10%（標準税率）の明確な区分表示
• 税額計算の端数処理：税率ごとに1回のみ端数処理を行う計算方式
• 適格請求書の保存・管理機能：発行した請求書と受領した請求書の電子保存
• 免税事業者との取引管理：仕入税額控除の経過措置（80%控除→50%控除）への対応

経過措置期間中の会計処理

令和5年10月1日から令和11年9月30日までの6年間は、免税事業者等からの課税仕入れについて、一定割合の仕入税額控除が認められる経過措置期間です。

• 令和5年10月1日～令和8年9月30日：仕入税額相当額の80%控除可能
• 令和8年10月1日～令和11年9月30日：仕入税額相当額の50%控除可能
• 令和11年10月1日以降：仕入税額控除不可

会計ソフトでは、この経過措置に対応した税区分を選択できるようになっており、自動で正確な税額計算が可能です。

主要会計ソフトのインボイス対応状況比較表

2026年時点での主要会計ソフトのインボイス対応機能を比較しました。各ソフトの特徴を理解して、自分の事業規模や業務内容に最適なものを選びましょう。

※料金は個人事業主向けの最小プランの税込価格です。法人プランや機能追加により料金は変動します。

freee会計のインボイス設定方法

freee会計は、クラウド会計ソフトの中でも特に直感的な操作性が特徴で、インボイス対応も簡単に設定できます。ここでは具体的な設定手順を解説します。

登録番号の設定手順

請求書への自動反映

登録番号を設定すると、freee会計で作成する全ての請求書に自動的に登録番号が記載されます。以下の機能も自動で適用されます。

• 税率区分（8%・10%）の自動判別と表示
• 税率ごとの税額計算と端数処理
• 適格請求書の必須記載事項の自動表示
• 発行した請求書の電子保存と検索機能

▲ freee会計のインボイス対応機能の使い方解説動画

freeeでは、取引先ごとに「適格請求書発行事業者かどうか」を登録できる機能もあります。取引先管理画面で設定しておくと、経費入力時に自動で適切な税区分が提案され、入力ミスを防げます。

弥生会計・やよいの青色申告オンラインの設定方法

弥生シリーズは、国内シェアNo.1の実績を持つ会計ソフトで、サポート体制が充実しているのが特徴です。インボイス対応も分かりやすいガイドに沿って設定できます。

やよいの青色申告オンラインでの登録番号設定

やよいの青色申告オンラインでの設定手順は以下の通りです。