個人事業主として開業したばかりの方や、初めての確定申告を控えている方にとって、「領収書や請求書は何年保存すればいいの？」「帳簿っていつまで取っておく必要があるの？」という疑問は非常に多いものです。実は帳簿や書類の保存期間は法律で明確に定められており、違反すると青色申告の承認取り消しや税務調査時の不利益といったリスクがあります。

本記事では、個人事業主が知っておくべき帳簿・領収書・請求書の保存期間について、2025年最新の税制に基づいて徹底解説します。青色申告と白色申告での違い、電子帳簿保存法による電子保存のルール、実務的な保管方法まで、会計屋.comが網羅的にお伝えします。

この記事を読めば、どの書類を何年間保存すべきか、紙と電子データではどう違うのか、保存期間を守らないとどんなペナルティがあるのかが完全に理解でき、適切な書類管理体制を構築できるようになります。税務調査にも自信を持って対応できる知識が身につきますので、ぜひ最後までお読みください。

個人事業主の帳簿保存期間の基本【2025年最新版】

個人事業主が保存しなければならない帳簿や書類には、法律で定められた保存期間があります。この保存期間は、所得税法や法人税法、電子帳簿保存法などの法律によって規定されており、違反すると様々なペナルティが科される可能性があります。

法律で定められた保存期間の根拠

個人事業主の帳簿保存期間は、主に所得税法第148条および第232条、同施行規則第102条などで規定されています。これらの法律では、青色申告者と白色申告者で異なる保存義務が定められており、特に青色申告者には厳格な保存要件が課されています。

2025年現在、個人事業主が守るべき基本的な保存期間は次の通りです。帳簿については青色申告者が7年間、白色申告者が原則として収入金額や必要経費を記載した帳簿は7年間、その他の帳簿は5年間の保存が必要です。また、領収書や請求書などの書類については、青色・白色問わず原則7年間または5年間の保存義務があります。

青色申告と白色申告での違い

青色申告と白色申告では、帳簿保存義務の内容に大きな違いがあります。青色申告者には65万円または55万円、10万円の特別控除が認められる代わりに、より厳格な記帳義務と保存義務が課されています。

青色申告者の保存義務：仕訳帳、総勘定元帳をはじめとする主要簿および補助簿すべてを7年間保存する必要があります。また、領収書、請求書、契約書などの証憑書類も原則7年間（前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間）の保存が必要です。

白色申告者の保存義務：2014年（平成26年）1月以降、すべての白色申告者にも記帳と帳簿保存の義務が課されるようになりました。収入金額や必要経費を記載した法定帳簿は7年間、任意帳簿は5年間、領収書などの書類は5年間の保存が必要です。

※前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間

保存期間の計算方法と起算日

保存期間の計算で最も間違いやすいのが「いつから数えるか」という起算日の問題です。多くの方が「12月31日の年末から」や「確定申告書を提出した日から」と誤解していますが、正しくは「確定申告書の提出期限日の翌日」が起算日となります。

具体例で見てみましょう。令和6年分（2024年1月1日～12月31日の事業年度）の確定申告書の提出期限は令和7年（2025年）3月17日（月曜日）です。この場合、保存期間の起算日は令和7年3月18日となり、7年間保存の場合は令和14年（2032年）3月17日まで保存する必要があります。

• 令和6年分（2024年）の帳簿：令和7年3月18日～令和14年3月17日まで保存
• 令和5年分（2023年）の帳簿：令和6年3月16日～令和13年3月15日まで保存
• 令和4年分（2022年）の帳簿：令和5年3月16日～令和12年3月15日まで保存
• 令和3年分（2021年）の帳簿：令和4年3月16日～令和11年3月15日まで保存

帳簿の種類別・保存期間一覧表

個人事業主が作成・保存すべき帳簿には様々な種類があり、それぞれ保存期間が異なります。ここでは、主要な帳簿の種類とそれぞれの保存期間について詳しく解説します。

主要簿（仕訳帳・総勘定元帳）の保存期間

主要簿とは、複式簿記において最も基本となる帳簿で、仕訳帳と総勘定元帳の2つを指します。青色申告で65万円控除または55万円控除を受けるためには、この主要簿を正確に記帳し、適切に保存することが必須条件となります。

仕訳帳：すべての取引を日付順に記録する帳簿です。借方・貸方の勘定科目と金額、摘要（取引内容）を記載します。青色申告者は7年間の保存が義務付けられており、これを怠ると青色申告の承認が取り消される可能性があります。

総勘定元帳：仕訳帳の内容を勘定科目ごとに転記・集計した帳簿です。「現金」「普通預金」「売上」「仕入」など、各勘定科目の動きを一覧できるようにします。こちらも青色申告者は7年間の保存が必要です。

補助簿（現金出納帳・売掛帳など）の保存期間

補助簿とは、主要簿を補完するために作成される帳簿の総称です。事業の規模や内容に応じて、必要な補助簿を作成します。青色申告者の場合、補助簿も主要簿と同じく7年間の保存が必要です。

代表的な補助簿には以下のようなものがあります：

• 現金出納帳：現金の入出金を記録する帳簿（7年間保存）
• 預金出納帳：預金口座の入出金を記録する帳簿（7年間保存）
• 売掛帳：売掛金（後払いの売上）の発生と回収を記録（7年間保存）
• 買掛帳：買掛金（後払いの仕入・経費）の発生と支払を記録（7年間保存）
• 経費帳：経費の支出を記録する帳簿（7年間保存）
• 固定資産台帳：10万円以上の資産の取得・減価償却を記録（7年間保存）
• 給料賃金台帳：従業員への給与支払を記録する帳簿（7年間保存）

白色申告者の場合、法定帳簿（収入金額・必要経費の記載がある帳簿）は7年間、その他の任意帳簿は5年間の保存となります。

決算関係書類の保存期間

確定申告時に作成する決算関係書類についても、適切な保存が必要です。これらの書類は税務調査時に事業の実態を証明する重要な資料となります。

※前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間

▲ 青色申告の帳簿作成と保存方法を分かりやすく解説

領収書・請求書・契約書の保存期間と管理方法

帳簿と並んで重要なのが、日々の取引を証明する「証憑書類」の保存です。領収書、請求書、契約書などの書類は、経費の正当性を証明する重要な証拠となります。

領収書の保存期間とルール

領収書は、事業のために支出した経費を証明する最も基本的な証憑書類です。青色申告者の場合は原則7年間（前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間）、白色申告者の場合は5年間の保存が必要です。

保存すべき領収書には以下のようなものが含まれます：

• 取引先との飲食費の領収書
• 事務用品や消耗品の購入レシート
• 交通費の領収書（電車・バス・タクシーなど）
• ガソリン代、駐車場代の領収書
• 会議室やレンタルスペースの利用料の領収書
• 書籍・セミナー参加費の領収書
• 通信費（携帯電話・インターネット）の領収書
• その他、事業に関連するすべての支出の領収書

請求書・納品書の保存期間

請求書には、自分が発行した請求書（売上側）と、取引先から受け取った請求書（仕入・経費側）の両方があり、どちらも保存義務があります。

自分が発行した請求書の控え：売上の証拠となる重要書類です。青色申告者は7年間（前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間）、白色申告者は5年間の保存が必要です。特に売掛金の管理や、将来的に税務調査を受けた際の売上計上漏れの疑いを晴らす証拠となります。

取引先から受け取った請求書：仕入や経費の証拠となります。こちらも同じく、青色申告者は7年間（前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間）、白色申告者は5年間の保存が必要です。

納品書、受領書、見積書なども取引の証拠となる重要書類ですので、請求書と同じ期間保存しておくことをお勧めします。

契約書・重要書類の保存期間

契約書は取引の条件や金額を定めた重要書類であり、紛争が生じた際の証拠となるだけでなく、税務調査時にも取引の妥当性を証明する資料となります。

契約書の保存期間は、基本的には帳簿や領収書と同じく、青色申告者で7年間（前々年分の所得が300万円以下の場合は5年間）、白色申告者で5年間です。ただし、実務上は契約期間中およびその後も長期間保存しておくことが望ましいとされています。

実務的な書類管理のコツ

7年間という長期間、膨大な量の書類を保存し続けるのは、物理的にも管理的にも大変です。ここでは、実務で使える効率的な書類管理方法をご紹介します。

会計ソフトを使っている場合は、領収書をスキャンして取引データに添付する機能を活用すると、紙の保管スペースを大幅に削減できます。ただし、電子保存する場合は後述する「電子帳簿保存法」の要件を満たす必要があります。

freee vs マネーフォワード vs 弥生｜個人事業主向け会計ソフト徹底比較2024では、各会計ソフトの書類管理機能について詳しく解説していますので、ぜひ参考にしてください。

電子帳簿保存法による電子保存のルール【2025年最新】

2022年（令和4年）1月に施行された改正電子帳簿保存法により、帳簿や書類の電子保存に関するルールが大きく変わりました。さらに2024年1月からは電子取引データの電子保存が完全義務化されており、すべての事業者に影響があります。

電子帳簿保存法の3つの区分

電子帳簿保存法は、大きく分けて3つの区分があります。それぞれ要件や対象となる書類が異なるため、正確に理解しておく必要があります。

①電子帳簿保存：会計ソフトで作成した帳簿をそのまま電子データで保存する方法です。以前は税務署への事前申請が必要でしたが、2022年の改正により事前申請が不要となりました。ただし、一定の要件（真実性の確保、可視性の確保など）を満たす必要があります。

②スキャナ保存：紙で受け取った領収書や請求書をスキャンして電子データで保存する方法です。こちらも事前申請は不要になりましたが、タイムスタンプの付与や検索機能の確保など、厳格な要件があります。2023年10月からはインボイス制度との関連で、スキャナ保存の要件が一部緩和されています。

③電子取引データ保存：メールやクラウドサービスで受け取った請求書・領収書などの電子データを保存する方法です。2024年1月から完全義務化されており、紙に印刷して保存するだけでは要件を満たしません。電子データのまま、所定の要件を満たして保存する必要があります。

2024年1月から義務化された電子取引データ保存

最も注意が必要なのが「電子取引データ保存」の義務化です。これは、メールで受け取った請求書PDF、Amazonなどのネット通販の領収書データ、クラウドサービスの請求データなど、電子的に受け取ったすべての取引データが対象となります。

2024年1月からは、これらのデータを紙に印刷して保存するだけでは要件を満たさず、必ず電子データのまま保存しなければなりません。ただし、「やむを得ない事情」がある場合には、一定の猶予措置が認められています。

会計ソフトを使った電子保存の実務

freee、マネーフォワード、弥生会計などの主要な会計ソフトは、すべて電子帳簿保存法に対応しており、要件を満たした電子保存が可能です。

freeeの場合：「ファイルボックス」機能を使えば、受け取った領収書や請求書をスキャン・撮影してアップロードし、取引データに紐付けることができます。電子帳簿保存法の要件を満たす形で自動保存されるため、特別な設定は不要です。

マネーフォワード クラウド確定申告の場合：「証憑保存機能」により、領収書や請求書の画像を取引に添付できます。電子帳簿保存法対応のタイムスタンプ機能も備わっています。

弥生会計オンラインの場合：「スマート証憑管理」機能で、領収書をスマホで撮影してアップロードし、自動で仕訳作成と保存ができます。電子帳簿保存法の要件を満たした保存が可能です。

各ソフトの詳しい機能比較については、freee確定申告の評判は？実際に使った個人事業主100人の口コミ調査で実際の利用者の声をまとめていますので、参考にしてください。

▲ 電子帳簿保存法の対応方法を税理士が分かりやすく解説

保存期間を守らなかった場合のペナルティ

帳簿や書類の保存期間を守らなかった場合、様々な不利益やペナルティが生じる可能性があります。「うっかり捨ててしまった」では済まされないケースもありますので、注意が必要です。

青色申告の承認取り消しのリスク

最も重大なペナルティが、青色申告の承認取り消しです。青色申告者には、65万円または55万円、10万円の特別控除、損失の3年間繰越、家族への給与を全額経費にできるなど、多くのメリットがあります。

しかし、帳簿書類の保存義務を怠った場合、税務署長の判断により青色申告の承認が取り消される可能性があります（所得税法第150条）。承認が取り消されると、その年分から白色申告となり、上記のメリットがすべて失われます。

特に以下のようなケースでは、承認取り消しのリスクが高まります：

• 帳簿をまったく作成していない、または重大な記帳不備がある
• 保存期間内の帳簿や書類を意図的に廃棄した
• 税務調査で帳簿や書類の提示を求められたが、提示できない
• 虚偽の記帳をしている、または二重帳簿を作成している
• 過去の承認取り消し履歴があり、再び同様の違反をした

推計課税による不利益

帳簿や書類が保存されていない、または記帳内容に信頼性がない場合、税務署は推計課税という方法で税額を決定することがあります。

推計課税とは、実際の取引内容ではなく、同業他社の平均値や業界標準のデータをもとに、収入や経費を推計して税額を決定する方法です。この場合、実際の経費が認められず、本来よりも高額な税金を支払わなければならないケースが多くなります。

推計課税の例：フリーランスのWebデザイナーAさんは、領収書の大半を紛失してしまい、経費の証明ができませんでした。税務調査の結果、税務署は同業者の平均経費率（売上の30%）で推計課税を行いました。Aさんの実際の経費率は50%だったため、本来認められるはずの経費が20%分認められず、約50万円の追加納税が発生しました。

加算税・延滞税の負担

帳簿や書類の不備により、申告内容に誤りが発見された場合、修正申告または更正処分が行われ、本税に加えて加算税と延滞税が課されます。

※税率は令和6年現在。税制改正により変更される可能性があります。

特に、帳簿や書類を意図的に廃棄したり、虚偽の記帳をしたりした場合は、最も重い「重加算税」（35%～40%）が課される可能性があり、非常に高額な負担となります。

信用面での不利益

税務面でのペナルティだけでなく、帳簿や書類の管理が不適切な場合、事業運営上の様々な不利益も生じます。

• 融資審査で不利：金融機関からの融資を受ける際、過去3年分程度の確定申告書や決算書の提出を求められます。帳簿が適切に保存されていないと、事業の実態を証明できず、融資を受けられない可能性があります。
• 補助金・助成金の申請で不利：小規模事業者持続化補助金やIT導入補助金など、多くの補助金は過去の売上や経費の証明を求めます。帳簿や書類がないと、申請自体ができません。
• 取引先との信用問題：大手企業と取引する場合、過去の実績を証明する書類（請求書の控えなど）の提出を求められることがあります。
• 事業承継・売却時の問題：将来的に事業を第三者に承継したり売却したりする際、適切な帳簿が保存されていないと、事業の価値評価ができません。

青色申告65万円控除の要件とは？2024年最新版｜e-Tax必須化の注意点では、青色申告の要件について詳しく解説していますので、併せてご確認ください。

保存期間が過ぎた書類の適切な廃棄方法

保存期間を過ぎた帳簿や書類は、適切に廃棄することが重要です。個人情報や機密情報が含まれているため、単純にゴミとして捨てるのは危険です。

廃棄してよい時期の確認方法

まず、廃棄してよい時期を正確に確認しましょう。前述の通り、保存期間の起算日は「確定申告書の提出期限日の翌日」です。

例えば、令和元年分（2019年分）の帳簿の場合：

ただし、以下の場合は注意が必要です：

• 税務調査が進行中の場合：保存期間が過ぎていても、税務調査が終了するまでは廃棄しないでください。
• 訴訟や紛争が係属中の場合：取引先との契約トラブルなどで訴訟になっている場合、関連する書類は保存しておく必要があります。
• 修正申告や更正の請求の可能性がある場合：過去の申告内容に誤りがあった場合に備えて、少し長めに保存しておくと安心です。

個人情報に配慮した廃棄方法

帳簿や書類には、取引先の名前や住所、金額など、多くの個人情報や機密情報が含まれています。これらが流出すると、個人情報保護法違反となる可能性もあります。

自社で廃棄する場合：

1. シュレッダーを使用して細かく裁断する（クロスカット式が望ましい）
2. 裁断した紙は、複数回に分けて廃棄する（一度に大量廃棄しない）
3. 電子データは、復元不可能な方法で削除する（専用ソフトを使用）
4. 廃棄の記録を残しておく（廃棄日、廃棄した書類の種類、実施者など）

専門業者に依頼する場合：

大量の書類がある場合や、確実な廃棄を希望する場合は、機密文書処理の専門業者に依頼するのも一つの方法です。多くの業者は、溶解処理や焼却処理により、復元不可能な形で廃棄してくれます。費用は、段ボール箱1箱あたり1,000円～3,000円程度が相場です。

電子データの廃棄方法

会計ソフトやクラウドサービスで保存している電子データについても、保存期間が過ぎたら適切に削除する必要があります。

クラウド会計ソフトの場合、多くのサービスでは過去のデータを無期限で保存できるため、急いで削除する必要はありません。ただし、サービスを解約する場合は、必要なデータをダウンロード・バックアップしてから解約してください。

パソコンのハードディスクやUSBメモリに保存している電子データを削除する場合は、通常の削除（ゴミ箱に入れて空にする）だけでは復元される可能性があります。「完全削除」や「データ消去」の専用ソフトを使用するか、物理的にハードディスクを破壊するなどの方法を取ってください。

業種別・ケース別の保存実務とポイント

帳簿や書類の保存は、業種や事業形態によって実務上のポイントが異なります。ここでは、代表的な業種やケース別に、具体的な保存のコツをご紹介します。

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