# ふるさと納税と確定申告の関係｜ワンストップ特例が使えない人の申告手順
「ふるさと納税をしたけど、確定申告が必要なの？ワンストップ特例を申請したつもりだったのに、実は条件を満たしていなかった…」そんな不安を抱える個人事業主・フリーランスの方は少なくありません。特に事業所得がある方は、ワンストップ特例制度が使えないため、必ず確定申告で寄附金控除を申請する必要があります。
本記事では、ふるさと納税と確定申告の関係を基礎から徹底解説します。ワンストップ特例が使えない条件、確定申告での寄附金控除の申告手順、e-Taxでの入力方法、還付金の計算方法まで、実際の申告書記入例とともに詳しくご説明します。会計ソフトを使った効率的な申告方法も紹介していますので、初めての方も安心して読み進めてください。
この記事を読めば、ふるさと納税の控除を正しく受けるための手順がすべて分かります。令和5年度税制改正の最新情報も反映していますので、2024年（令和6年）の確定申告にそのまま使える実践的な内容です。
ふるさと納税の基本知識｜仕組みと節税効果
ふるさと納税とは何か
ふるさと納税は、自分が選んだ自治体に寄附を行うことで、寄附金額のうち2,000円を超える部分について所得税・住民税から控除が受けられる制度です。実質2,000円の自己負担で、寄附先の自治体から返礼品を受け取ることができるため、多くの納税者に利用されています。
制度が創設されたのは平成20年（2008年）で、地方創生や地域活性化を目的としています。返礼品は地域の特産品や宿泊券など多種多様で、自己負担額2,000円で数万円相当の品を受け取れることから、実質的な節税効果があると言えます。
控除の仕組みと計算方法
ふるさと納税による控除は、所得税からの控除（還付）と住民税からの控除（翌年度の住民税減額）の2段階で行われます。具体的な計算式は以下の通りです。
- 所得税からの控除額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × 所得税率 × 1.021
- 住民税からの基本控除額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × 10%
- 住民税からの特例控除額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × (90% – 所得税率 × 1.021)
この特例控除額には上限があり、住民税所得割額の20%までとされています。この上限を超えないように寄附をすれば、自己負担2,000円で済む計算になります。
控除上限額の目安
ふるさと納税で自己負担2,000円に収めるには、年収や家族構成に応じた控除上限額を把握することが重要です。以下は年収別の控除上限額の目安です（単身または共働き世帯の場合）。
| 年収 | 控除上限額の目安 | 備考 |
|---|---|---|
| 300万円 | 約28,000円 | 単身または共働き |
| 400万円 | 約42,000円 | 単身または共働き |
| 500万円 | 約61,000円 | 単身または共働き |
| 600万円 | 約77,000円 | 単身または共働き |
| 700万円 | 約108,000円 | 単身または共働き |
| 800万円 | 約129,000円 | 単身または共働き |
令和5年度の税制改正による変更点
令和5年10月以降に行われたふるさと納税から、返礼品に関する新しいルールが適用されています。総務省は、寄附金の募集を適正に実施する自治体として、以下の基準を満たす自治体を指定しています。
- 返礼品の返礼割合が寄附金額の30%以下であること
- 返礼品は地場産品であること
- 募集に要する費用（返礼品調達費、送料、事務費等）が寄附金額の50%以下であること
この改正により、一部の過度な返礼品は是正されましたが、納税者側の控除制度については基本的に変更はありません。引き続き自己負担2,000円で控除を受けることができます。
ワンストップ特例制度とは｜使える条件と使えない条件
ワンストップ特例制度の概要
ワンストップ特例制度は、確定申告を行わない給与所得者が、簡単な手続きだけでふるさと納税の控除を受けられる仕組みです。正式には「ふるさと納税ワンストップ特例制度」と呼ばれ、平成27年（2015年）4月から導入されました。
この制度を利用すると、確定申告をしなくても翌年度の住民税から自動的に控除されます。ただし、所得税からの還付は行われず、すべて住民税からの控除として調整される点が通常の確定申告とは異なります。
ワンストップ特例が使える条件
ワンストップ特例制度を利用するには、以下のすべての条件を満たす必要があります。
- 確定申告を行わないこと – 給与所得者で年末調整のみで納税が完了する方
- 寄附先の自治体が5団体以内であること – 6団体以上に寄附した場合は確定申告が必要
- 各自治体に申請書を提出すること – 寄附のたびに「寄附金税額控除に係る申告特例申請書」を提出
- 翌年1月10日までに申請書が自治体に到着すること – 期限を過ぎると確定申告が必要
ワンストップ特例が使えない人｜確定申告が必要なケース
以下のいずれかに該当する方は、ワンストップ特例制度が利用できないため、必ず確定申告で寄附金控除を申請する必要があります。
| 該当ケース | 理由・詳細 |
|---|---|
| 個人事業主・フリーランス | 事業所得がある方は必ず確定申告を行うため、ワンストップ特例は利用不可 |
| 給与収入が2,000万円超 | 年末調整の対象外となり確定申告が必要なため |
| 医療費控除を受ける方 | 医療費控除は確定申告でのみ適用できるため |
| 住宅ローン控除初年度 | 初年度は確定申告が必須（2年目以降は年末調整可能） |
| 副業収入が20万円超 | 給与所得以外の所得が20万円を超える場合は確定申告が必要 |
| 2カ所以上から給与を得ている | 主たる給与以外の収入が20万円を超える場合 |
| 6団体以上に寄附 | ワンストップ特例の条件（5団体以内）を超えているため |
| 申請書の提出期限に遅れた | 翌年1月10日までに申請書が自治体に届かなかった場合 |
特に個人事業主やフリーランスの方は、事業所得の確定申告が必須ですので、ワンストップ特例制度は利用できません。必ず確定申告でふるさと納税の寄附金控除を申請しましょう。詳しい確定申告の手順は【2024年版】個人事業主の確定申告やり方完全ガイド｜初めてでも安心の手順をご覧ください。
▲ ふるさと納税とワンストップ特例制度の基本を解説した動画
ワンストップ特例を申請したのに確定申告する場合の注意点
ワンストップ特例の申請書を提出済みでも、その後に確定申告を行う場合は注意が必要です。確定申告を行うと、ワンストップ特例の申請は自動的に無効になります。
この場合、確定申告書にすべてのふるさと納税の寄附金を記入しないと、控除が適用されません。「一部はワンストップで、一部は確定申告で」という併用はできませんので、確定申告する場合は全寄附分を申告書に記載してください。
確定申告でのふるさと納税申告手順｜必要書類と記入方法
確定申告に必要な書類
ふるさと納税の寄附金控除を確定申告で申請するには、以下の書類が必要です。
- 寄附金受領証明書 – 各自治体から送付される証明書（原本が必要）
- 確定申告書（第一表・第二表） – 国税庁の様式または会計ソフトで作成
- 源泉徴収票（給与所得者の場合） – 勤務先から発行されるもの
- マイナンバーカードまたは通知カード – 本人確認書類
- 還付金受取口座の通帳 – 所得税の還付を受ける口座情報
寄附金受領証明書の確認ポイント
寄附金受領証明書には以下の情報が記載されています。確定申告の際にこれらの情報を転記しますので、内容を確認しておきましょう。
- 寄附者の氏名・住所 – 確定申告書の住所と一致しているか確認
- 寄附金額 – 実際に支払った金額（送料等を除く純粋な寄附額）
- 寄附年月日 – その年の1月1日～12月31日の寄附が対象
- 寄附先の自治体名 – 正式な自治体名称が記載されている
確定申告書への記入方法｜第一表
確定申告書第一表の記入手順を説明します。ふるさと納税の寄附金控除は「寄附金控除」の欄に記入します。
例えば、年間で合計60,000円のふるさと納税をした場合、60,000円 – 2,000円 = 58,000円を寄附金控除の欄に記入します。
確定申告書への記入方法｜第二表
第二表では、寄附先の自治体の詳細を記入します。
- 「寄附金控除に関する事項」の欄を探す
- 各寄附先の「寄附先の名称等」に自治体名を記入
- 「寄附金」の欄に各寄附の金額を記入
- 複数の自治体に寄附した場合は、それぞれの行に記入（欄が足りない場合は別紙に記載）
記入例｜年収500万円のフリーランスAさんの場合
具体的な記入例を見てみましょう。フリーランスのAさん（独身、年収500万円、事業所得400万円）が、年間で60,000円のふるさと納税を行った場合の記入例です。
| 項目 | 金額・内容 |
|---|---|
| 事業所得 | 4,000,000円 |
| 所得控除（基礎控除、社会保険料控除等の合計） | 1,200,000円 |
| ふるさと納税の寄附金控除 | 58,000円（60,000円 – 2,000円） |
| 所得控除の合計 | 1,258,000円 |
| 課税所得 | 2,742,000円 |
| 所得税額（概算） | 約274,200円 |
| 所得税からの還付額（概算） | 約5,916円（58,000円 × 10.21%） |
この例では、所得税から約5,916円が還付され、残りの約52,000円が翌年度の住民税から控除されることになります。実質的な自己負担は2,000円のみです。
e-Taxでの申告手順｜オンラインで簡単申請
e-Taxのメリットと準備
e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えば、自宅から24時間いつでも確定申告ができます。個人事業主の方は、青色申告65万円控除を受けるためにe-Taxでの申告が必須となっています（令和2年分以降）。詳しくは青色申告65万円控除の要件とは？2024年最新版｜e-Tax必須化の注意点をご確認ください。
e-Taxを利用するメリットは以下の通りです。
- 24時間申告可能 – 税務署の開庁時間を気にせず申告できる
- 添付書類の省略 – 寄附金受領証明書の添付が不要（ただし5年間保管義務あり）
- 還付が早い – 通常3週間程度で還付（書面申告は1～2カ月）
- 青色申告65万円控除の要件 – 電子申告が必須条件
- 計算ミスの防止 – 自動計算機能で入力ミスを削減
e-Taxの利用開始方法
e-Taxを利用するには、以下の2つの方法があります。
| 方法 | 必要なもの | メリット |
|---|---|---|
| マイナンバーカード方式 | マイナンバーカード、ICカードリーダー（またはスマホ） | 最も簡単、初年度から利用可能 |
| ID・パスワード方式 | 税務署で発行されるID・パスワード | マイナンバーカードがなくても利用可能 |
個人事業主の方は、マイナンバーカード方式の利用を強くおすすめします。スマートフォンがあればカードリーダーは不要で、スマホをかざすだけで認証できます。
e-Taxでのふるさと納税入力手順
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使ったふるさと納税の入力手順を説明します。
入力画面では、以下の情報を入力します。
- 寄附先の種類 – 「都道府県・市区町村（ふるさと納税）」を選択
- 寄附先の自治体 – プルダウンメニューから選択
- 寄附金額 – 寄附金受領証明書に記載された金額を入力
複数の自治体に寄附した場合は、「別の寄附先を入力する」ボタンを押して、すべての寄附を入力します。入力が完了すると、自動的に寄附金控除額（合計寄附額 – 2,000円）が計算されます。
▲ e-Taxでの確定申告手順を画面付きで詳しく解説
会計ソフトを使ったe-Tax申告
個人事業主の方は、会計ソフトを使うことで、日々の記帳から確定申告まで一貫して管理できます。主要な会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生）は、すべてe-Taxに対応しています。
会計ソフトでふるさと納税を入力する手順は、ソフトによって異なりますが、基本的な流れは以下の通りです。
- 「確定申告」または「申告書作成」メニューを選択
- 「寄附金控除」または「ふるさと納税」の項目を探す
- 寄附先の自治体名と寄附金額を入力
- 自動計算された控除額を確認
- e-Tax送信または電子申告の機能を使って申告
各会計ソフトの詳しい比較は、freee vs マネーフォワード vs 弥生｜個人事業主向け会計ソフト徹底比較2024をご覧ください。特にfreeeを使った実際の評判については、freee確定申告の評判は？実際に使った個人事業主100人の口コミ調査が参考になります。
e-Tax申告後の流れ
e-Taxで確定申告を送信した後の流れを確認しておきましょう。
- 受信通知の確認 – 送信後、「受信通知」が届いたことを確認（即時～数分）
- 還付金の振込 – 所得税の還付がある場合、3週間程度で指定口座に振込
- 住民税の決定 – 5～6月頃に住民税決定通知書が届く（ふるさと納税控除後の金額）
- 証明書の保管 – 寄附金受領証明書は5年間保管が必要
還付金の計算方法と住民税控除の確認
所得税からの還付額計算
ふるさと納税による所得税の還付額は、以下の計算式で求められます。
所得税からの還付額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × 所得税率 × 1.021
1.021を乗じるのは、復興特別所得税（所得税額の2.1%）を含めるためです。所得税率は課税所得金額によって以下のように異なります。
| 課税所得金額 | 所得税率 | 実質税率（復興税込み） |
|---|---|---|
| 195万円以下 | 5% | 5.105% |
| 195万円超～330万円以下 | 10% | 10.21% |
| 330万円超～695万円以下 | 20% | 20.42% |
| 695万円超～900万円以下 | 23% | 23.483% |
| 900万円超～1,800万円以下 | 33% | 33.693% |
| 1,800万円超～4,000万円以下 | 40% | 40.84% |
| 4,000万円超 | 45% | 45.945% |
住民税からの控除額計算
住民税からの控除は、基本控除と特例控除の2段階で行われます。
住民税基本控除額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × 10%
住民税特例控除額 = (ふるさと納税額 – 2,000円) × (90% – 所得税率 × 1.021)
ただし、住民税特例控除額には上限があり、住民税所得割額の20%までとなります。この上限を超える寄附をした場合、自己負担が2,000円を超えることになります。
具体的な計算例｜年収600万円のケース
年収600万円の個人事業主Bさんが、60,000円のふるさと納税をした場合の計算例を見てみましょう。
| 項目 | 計算 | 金額 |
|---|---|---|
| 課税所得 | – | 3,500,000円 |
| 所得税率 | – | 20%（復興税込み20.42%） |
| 所得税からの還付 | (60,000 – 2,000) × 20.42% | 11,844円 |
| 住民税基本控除 | (60,000 – 2,000) × 10% | 5,800円 |
| 住民税特例控除 | (60,000 – 2,000) × 79.58% | 40,356円 |
| 控除合計 | 11,844 + 5,800 + 40,356 | 58,000円 |
| 実質自己負担 | 60,000 – 58,000 | 2,000円 |
このように、正しく計算すれば自己負担2,000円でふるさと納税の恩恵を受けられることがわかります。
住民税決定通知書での確認方法
確定申告をした後、実際にふるさと納税の控除が正しく適用されているかを確認するには、住民税決定通知書をチェックします。この通知書は、毎年5～6月頃に勤務先（給与所得者の場合）または自治体から直接（個人事業主の場合）届きます。
確認するポイントは以下の通りです。
- 「税額控除額」の欄 – ふるさと納税による控除額が記載されている
- 「市町村民税 税額控除額」 – 住民税基本控除額と特例控除額の合計
- 「摘要」欄 – 「寄附金税額控除」などと記載されている場合がある
よくあるミスと対処法｜確定申告前にチェック
ミス1：寄附金受領証明書の紛失
寄附金受領証明書を紛失してしまった場合の対処法です。
対処法：寄附をした自治体に連絡して、再発行を依頼します。多くの自治体では、寄附者本人からの依頼であれば無料で再発行してくれます。ただし、再発行には1～2週間程度かかる場合がありますので、確定申告期限に余裕を持って依頼しましょう。
ミス2：ワンストップ特例と確定申告の併用
「一部の寄附はワンストップ特例で、残りは確定申告で」という併用はできません。
対処法：確定申告をする場合は、ワンストップ特例を申請した寄附も含めて、すべての寄附金を確定申告書に記載します。ワンストップ特例を申請していても、確定申告を行うとその申請は自動的に無効になるため、記載漏れがないように注意しましょう。
ミス3：寄附年の誤り
12月に寄附をした場合、入金日と証明書の発行日がずれることがあります。
対処法：ふるさと納税の寄附年は、実際に寄附金を支払った日（入金日）で判断します。12月31日までに支払いが完了していれば、その年の寄附として確定申告できます。クレジットカード決済の場合は、決済日が基準となります（引き落とし日ではありません）。
ミス4：控除上限額の超過
所得が想定より少なかった、または多額の所得控除があったために、控除上限額を超えて寄附してしまうケースです。
対処法：控除上限額を超えた分については、自己負担額が2,000円を超えることになります。超過分は純粋な寄附として扱われ、控除は受けられません。事前に総務省の「ふるさと納税ポータルサイト」や会計ソフトのシミュレーション機能を使って、上限額を確認してから寄附することをおすすめします。
ミス5：住所・氏名の相違
寄附をした時点と確定申告時点で住所や氏名が変わっている場合の対処法です。
対処法：確定申告では、寄附をした時点の住所・氏名を記載します。その後引っ越しをした場合でも、寄附金受領証明書に記載された住所・氏名で申告してください。現住所は確定申告書の住所欄に記載します。婚姻等で氏名が変わった場合も同様に、旧氏名での寄附であることを説明できるようにしておきましょう。
ミス6：e-Tax送信後の修正
e-Taxで確定申告を送信した後に、ふるさと納税の記載漏れに気づいた場合の対処法です。
対処法：確定申告期限内（3月15日まで）であれば、訂正申告として再度送信できます。期限後に気づいた場合は、更正の請求という手続きで修正できます。更正の請求は、法定申告期限から5年以内であれば可能です。
個人事業主が知っておくべきふるさと納税の節税戦略
事業所得と給与所得がある場合の注意点
個人事業主として事業所得があり、さらにアルバイトや業務委託で給与所得もある場合、合算した所得でふるさと納税の控除上限額を計算します。
例えば、事業所得が300万円、給与所得が200万円の場合、合計500万円の所得として控除上限額を計算します。この場合、給与所得者よりも青色申告特別控除（最大65万円）を受けられる分、課税所得が少なくなるため、控除上限額もやや低くなる点に注意が必要です。
青色申告特別控除との関係
青色申告で65万円の特別控除を受ける場合、その分課税所得が減少するため、ふるさと納税の控除上限額も減少します。
例えば、事業所得500万円の場合、青色申告特別控除65万円を差し引いた435万円が所得金額となります。この435万円を基準に控除上限額を計算することになります。青色申告特別控除については、青色申告65万円控除の要件とは？2024年最新版｜e-Tax必須化の注意点で詳しく解説しています。
