# 医療費控除の確定申告｜交通費や薬代はいくらから？領収書の保管方法も解説

「今年は病院に何度も通ったけど、医療費控除って申告した方がいいの？」「薬代や通院の交通費もいくらから対象になるの？」と疑問に感じている個人事業主やフリーランスの方は多いのではないでしょうか。医療費控除は所得税・住民税の節税効果がある重要な制度ですが、対象範囲や金額基準が分かりにくく、申告を諦めてしまう方も少なくありません。

本記事では、医療費控除の対象となる金額基準から、交通費や市販薬の扱い、セルフメディケーション税制との使い分け、領収書の保管方法まで、確定申告で医療費控除を受けるために必要な情報を徹底解説します。国税庁の最新情報に基づいた正確な内容で、初めて申告する方でも安心して手続きできるよう、具体的な計算例やケーススタディも豊富に掲載しています。

医療費控除を正しく理解して申告すれば、年間数万円の節税につながることも珍しくありません。フリーランスや個人事業主の方が確定申告で損をしないよう、この記事を最後まで読んで医療費控除を最大限に活用してください。

医療費控除の基本｜いくらから申告できる？

医療費控除とは何か

医療費控除は、1年間（1月1日～12月31日）に支払った医療費の合計額が一定額を超えた場合に、所得税や住民税の計算において所得から差し引くことができる所得控除の一つです。個人事業主やフリーランスの方にとって、確定申告時に活用できる重要な節税制度となります。

医療費控除の対象となるのは、納税者本人だけでなく、生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も含まれます。つまり、家族全員の医療費を合算して申告できるため、世帯単位で考えると控除額が大きくなる可能性があります。

医療費控除の金額基準｜10万円or所得の5％

医療費控除を受けるための基準額は、次のいずれか少ない方の金額です：

• 10万円
• 総所得金額等の5％

つまり、年間の医療費がこの基準額を超えた部分が控除対象となります。総所得金額等が200万円未満の方は、10万円ではなく「総所得金額等×5％」が基準額となるため、より少ない医療費でも控除を受けられる可能性があります。

総所得金額等	基準額	控除を受けられる医療費
200万円以上	10万円	10万円を超える部分
150万円	7万5千円	7万5千円を超える部分
100万円	5万円	5万円を超える部分
80万円	4万円	4万円を超える部分

医療費控除額の計算式と上限額

医療費控除額の計算式は以下の通りです：

ただし、医療費控除額には上限が200万円と定められています。どれだけ高額な医療費を支払っても、控除額は最大200万円までとなります。

個別の税務判断については税理士にご相談いただくか、【2024年版】個人事業主の確定申告やり方完全ガイド｜初めてでも安心の手順も併せてご確認ください。

医療費控除の対象となる医療費の範囲

病院・診療所での診療費・治療費

医療費控除の対象となる基本的な医療費は、病気やケガの治療のために医師または歯科医師による診療・治療に支払った費用です。具体的には以下のような費用が該当します：

• 医師・歯科医師による診療費や治療費
• 病院や診療所への入院費用（入院中の食事代を含む）
• 治療のためのマッサージ師、はり師、きゅう師、柔道整復師による施術費
• 助産師による分べんの介助費用
• 介護保険等の施設・居宅サービスの自己負担額（一部）

医薬品の購入費用｜処方薬と市販薬

治療または療養に必要な医薬品の購入費用も医療費控除の対象となります。処方薬だけでなく、ドラッグストアで購入した市販薬（OTC医薬品）も、治療目的であれば控除対象です。

対象となる医薬品：

• 医師の処方箋に基づいて調剤された薬
• 風邪薬、頭痛薬、胃腸薬などの治療目的の市販薬
• 絆創膏やガーゼなどの医療用品（治療に必要なもの）

対象外となるもの：

• ビタミン剤やサプリメント（病気の治療目的でないもの）
• 予防や健康増進のための医薬品
• 疲労回復・健康維持目的の栄養ドリンク

通院・入院のための交通費

医療費控除の対象として見落とされがちなのが通院・入院のための交通費です。公共交通機関を利用した場合の交通費は医療費控除の対象となります。

交通手段	控除対象	注意点
電車・バス	○ 対象	領収書がない場合は日時・経路・金額をメモで記録
タクシー	△ 条件付き	緊急時や公共交通機関が使えない場合のみ対象
自家用車	× 対象外	ガソリン代・駐車場代は原則として対象外
新幹線・飛行機	△ 条件付き	遠方の専門医療機関での治療が必要な場合のみ
付き添いの交通費	△ 条件付き	子供や高齢者など付き添いが必要な場合のみ

電車やバスの運賃は領収書がないことが多いため、通院した日付、病院名、経路、交通費の金額を記録しておくことが重要です。通院記録として手帳やスマートフォンのメモアプリに記録し、確定申告時に「医療費控除の明細書」に記載できるよう整理しておきましょう。

治療のための医療器具・装具

治療に必要な医療器具や装具の購入・レンタル費用も医療費控除の対象となります：

• 医師の指示による義手・義足・松葉杖・車椅子
• 補聴器（医師の治療を受けるために直接必要なもの）
• 視力回復のためのレーシック手術費用
• 治療のための眼鏡・コンタクトレンズ（医師の処方によるもの）
• 在宅療養のための医療器具のレンタル費用

▲ 医療費控除の対象となる費用と対象外の費用を詳しく解説

医療費控除の対象外となる費用

健康維持・予防目的の費用

医療費控除は「治療」を目的とした費用が対象であり、健康維持や病気の予防を目的とした費用は原則として対象外となります。個人事業主やフリーランスの方が混同しやすい項目について整理します。

対象外となる主な費用：

• 人間ドック・健康診断の費用（病気が見つからなかった場合）
• 予防接種（インフルエンザワクチンなど）
• ビタミン剤・サプリメント（治療目的でないもの）
• 健康食品・栄養補助食品
• マスク・消毒液（感染予防目的）
• 体温計・血圧計などの一般的な健康管理器具

美容・審美目的の費用

美容や審美を目的とした施術・治療は医療費控除の対象外です。ただし、機能回復や治療を目的とする場合は対象となることがあるため、境界線を正しく理解することが重要です。

項目	美容目的（対象外）	治療目的（対象）
歯科治療	ホワイトニング、美容目的の矯正	虫歯治療、機能改善のための矯正
皮膚科	美肌治療、シミ取り、脱毛	アトピー治療、皮膚疾患の治療
整形外科	二重まぶた手術、鼻の整形	事故・ケガによる再建手術
マッサージ	リラクゼーション目的	医師の指示による治療マッサージ
薬・サプリ	健康増進、ダイエット目的	医師の処方による治療薬

保険金などで補てんされた金額

医療費控除額を計算する際には、保険金などで補てんされた金額を差し引く必要があります。以下のような給付金は控除額から差し引かなければなりません：

• 生命保険・医療保険からの入院給付金・手術給付金
• 健康保険からの高額療養費・出産育児一時金
• 損害保険からの医療費補てん給付金
• 社会保険・共済からの傷病手当金

自己都合による費用

入院や治療に伴う費用でも、自己都合や快適性を求めた費用は医療費控除の対象外となります：

• 差額ベッド代（本人や家族の都合で個室を希望した場合）
• 入院中のパジャマ・洗面具などの日常品購入費
• 入院中の電話代・テレビ代
• 見舞いに来た家族の交通費や食事代
• 医師や看護師への謝礼金

ただし、差額ベッド代でも、病院の都合で個室しか空いていなかった場合や、医師の指示により個室が必要だった場合は、医療費控除の対象となることがあります。

セルフメディケーション税制との違いと選択

セルフメディケーション税制とは

セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）は、平成29年（2017年）1月から開始された制度で、健康の維持増進及び疾病の予防への取組として一定の取組を行う個人が、特定の医薬品（スイッチOTC医薬品）を購入した場合に受けられる所得控除です。

この制度は、軽い症状であれば医療機関を受診せず、薬局で購入できる医薬品で対処する「セルフメディケーション」を推進する目的で創設されました。通常の医療費控除との選択適用となり、いずれか一方のみ適用できます。

通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の比較

どちらの制度を選ぶべきか判断するため、両制度の主な違いを比較します：

項目	医療費控除	セルフメディケーション税制
対象となる費用	医療費全般（診療費、薬代、交通費など）	スイッチOTC医薬品の購入費のみ
基準額	10万円または所得の5％	1万2千円
控除上限額	200万円	8万8千円
適用条件	特になし	健康診断などの取組が必要
併用	どちらか一方のみ選択可能

スイッチOTC医薬品の見分け方

セルフメディケーション税制の対象となるのは、医師の処方が必要だった医薬品がドラッグストアなどで購入できるようになった「スイッチOTC医薬品」です。対象医薬品は約1,800品目あり、購入時に判別できるよう、レシート・領収書に識別マークが印字されています。

対象医薬品の確認方法：

• レシート・領収書に「★」や「◆」などのマークが印字されている
• 商品パッケージに「セルフメディケーション税控除対象」のロゴマークがある
• 厚生労働省のウェブサイトで対象医薬品リストを確認できる
• 薬局の店頭やウェブサイトで対象商品として表示されている

どちらを選ぶべきか｜ケース別の判断基準

個人事業主やフリーランスの方がどちらの制度を選択すべきか、ケース別に解説します：

節税効果については、具体的な計算が必要です。フリーランスエンジニアの経費はどこまでOK？認められる経費一覧と節税術も参考に、総合的な節税対策を検討してください。

医療費控除の実際の節税効果｜具体的な計算例

年収500万円のフリーランスAさんのケース

具体的な事例で医療費控除の節税効果を見ていきましょう。フリーランスデザイナーのAさん（独身、年収500万円）が年間20万円の医療費を支払った場合の計算例です。

医療費控除額の計算：

1. 医療費控除額 = 20万円 − 10万円 = 10万円
2. 所得税の軽減額 = 10万円 × 20% = 2万円
3. 住民税の軽減額 = 10万円 × 10% = 1万円
4. 合計節税額 = 2万円 + 1万円 = 3万円

Aさんの場合、医療費控除を申告することで合計3万円の税金が軽減されます。医療費が20万円かかったとしても、控除により実質的な負担は17万円に抑えられることになります。

年収300万円で家族の医療費が多いBさんのケース

個人事業主として働くBさん（既婚、子供2人、年収300万円）の家族全員で年間25万円の医療費がかかり、保険金5万円を受け取った場合です。

医療費控除額の計算：

1. 実際の負担額 = 25万円 − 5万円 = 20万円
2. 医療費控除額 = 20万円 − 10万円 = 10万円
3. 所得税の軽減額 = 10万円 × 10% = 1万円
4. 住民税の軽減額 = 10万円 × 10% = 1万円
5. 合計節税額 = 1万円 + 1万円 = 2万円

Bさんの場合、家族全員の医療費を合算できるため、控除額が大きくなりました。保険金を差し引いた後でも2万円の節税効果があります。

所得が少ない年のCさんのケース（所得200万円未満）

フリーランスライターのCさんは、事業が軌道に乗る前の年で所得が150万円でした。この年に15万円の医療費がかかった場合です。

医療費控除額の計算：

1. 基準額 = 150万円 × 5% = 7万5千円（10万円より少ない）
2. 医療費控除額 = 15万円 − 7万5千円 = 7万5千円
3. 所得税の軽減額 = 7万5千円 × 5% = 3,750円
4. 住民税の軽減額 = 7万5千円 × 10% = 7,500円
5. 合計節税額 = 3,750円 + 7,500円 = 1万1,250円

ケース	年収	医療費	控除額	節税額
Aさん	500万円	20万円	10万円	3万円
Bさん	300万円	25万円（保険金5万円）	10万円	2万円
Cさん	150万円	15万円	7万5千円	1万1,250円

確定申告の詳しい手順については、【2024年版】個人事業主の確定申告やり方完全ガイド｜初めてでも安心の手順をご確認ください。

領収書・レシートの保管方法と管理のポイント

領収書の保管期間と保存方法

令和4年度（2022年度）税制改正以降、医療費控除の申告時に領収書の提出は不要となりましたが、税務署から求められた場合に提示できるよう、5年間の保管義務があります。個人事業主やフリーランスの方は、他の事業関連書類と同様にしっかり管理する必要があります。

効果的な保管方法：

• 月別に分類：領収書を月ごとに封筒やクリアファイルに分けて保管
• 医療機関別に整理：病院・薬局・歯科など医療機関ごとに分類
• 家族別に管理：家族がいる場合は人別に分けておくと集計が楽
• 交通費は別途記録：領収書がない交通費は通院記録として別管理
• デジタル化も併用：スマホで撮影してクラウド保存すると紛失リスク軽減

医療費通知（医療費のお知らせ）の活用

健康保険組合や協会けんぽから送られてくる「医療費通知」（医療費のお知らせ）を確定申告に活用することができます。この通知には、保険診療を受けた医療機関名、受診日、医療費の額などが記載されています。

医療費通知を使うメリット：

• 医療費の集計作業が大幅に簡略化される
• 個別の領収書を整理する手間が減る
• 保険診療分の医療費を漏れなく申告できる

医療費通知を使う際の注意点：

• 通知に記載されていない医療費（薬局での市販薬購入など）は別途集計が必要
• 通知書に必要事項（健康保険組合名、被保険者氏名など）が記載されているか確認
• 通知書の対象期間が1月～12月の年間分をカバーしているか確認
• 医療費控除の明細書に「医療費通知に関する事項」欄を記入する

電子レシート・電子領収書の取り扱い

最近では、メールやアプリで電子レシートを発行する医療機関や薬局も増えています。電子レシート・電子領収書も紙の領収書と同様に医療費控除の証拠書類として認められます。

電子レシートの保管方法：

• メールで受け取った領収書はPDFで保存し、フォルダを作成して整理
• アプリの電子レシートはスクリーンショットまたはPDF出力で保存
• クラウドストレージ（Google Drive、Dropboxなど）に年度別フォルダを作成
• 定期的にバックアップを取り、データ消失に備える

会計ソフトでの医療費管理

個人事業主やフリーランスの方で会計ソフトを使っている場合、医療費の管理も会計ソフトで一元管理すると便利です。freeeやマネーフォワード クラウド確定申告などの会計ソフトには、医療費控除の集計機能が搭載されています。

会計ソフトでの管理メリット：

• 領収書をスマホで撮影するだけで自動的にデータ化
• 医療費控除の明細書が自動作成される
• 家族別・医療機関別の集計が簡単
• 確定申告書と連動して控除額が自動計算される

会計ソフトの選び方については、freee vs マネーフォワード vs 弥生｜個人事業主向け会計ソフト徹底比較2024やfreee確定申告の評判は？実際に使った個人事業主100人の口コミ調査を参考にしてください。

▲ 医療費控除の領収書管理と会計ソフトでの効率化方法

医療費控除の確定申告の手順と必要書類

確定申告で医療費控除を受けるための準備

医療費控除を受けるためには、通常の確定申告に加えて医療費控除専用の書類を作成する必要があります。個人事業主やフリーランスの方は、事業所得の申告と併せて医療費控除も申告します。

医療費控除の明細書の書き方

「医療費控除の明細書」は国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。記入項目は以下の通りです：

記入項目：

• 医療を受けた方の氏名：本人、配偶者、子供など誰の医療費かを記入
• 病院・薬局などの名称：医療機関や薬局の名前を記入
• 医療費の区分：診療・治療、医薬品購入、介護保険サービスなどを選択
• 支払った医療費の額：実際に支払った金額を記入
• 保険金などで補てんされる金額：受け取った保険金などを記入

e-Taxでの医療費控除申告

e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えば、自宅から医療費控除の申告ができます。青色申告で65万円控除を受ける場合はe-Taxの使用が必須となるため、個人事業主の方は積極的に活用しましょう。

e-Taxでの申告手順：

1. 事前準備：マイナンバーカードとICカードリーダーまたはマイナンバーカード対応スマホを用意
2. 医療費データの入力：e-Taxソフトまたは確定申告書等作成コーナーで医療費を入力
3. 自動計算：医療費控除額が自動的に計算され、確定申告書に反映
4. 電子送信：マイナンバーカードで電子署名をして送信
5. 控除額の確認：送信後、受信通知で申告内容を確認

e-Taxの詳しい使い方については、青色申告65万円控除の要件とは？2024年最新版｜e-Tax必須化の注意点をご覧ください。

還付申告の期限と手続き

医療費控除によって税金の還付を受ける「還付申告」は、通常の確定申告期限（翌年2月16日～3月15日）に関わらず、翌年1月1日から5年間提出することができます。

例えば、令和5年（2023年）の医療費控除の還付申告は、令和6年（2024年）1月1日から令和10年（2028年）12月31日まで提出可能です。

提出方法	メリット	注意点
e-Tax	24時間提出可能、還付が早い、自動計算	マイナンバーカードなど事前準備が必要
郵送	自宅から提出できる 6月 5, 2026 kaikeiya_admin 確定申告・節税