「医療費がたくさんかかったけど、確定申告で医療費控除を受けられるのかな？」「10万円以下でも医療費控除は使えるって聞いたけど本当？」医療費控除の確定申告について、こうした疑問を持つ個人事業主・フリーランスの方は多いのではないでしょうか。医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に所得控除を受けられる制度で、正しく活用すれば大きな節税効果が得られます。
この記事では、医療費控除の確定申告のやり方を基礎から徹底解説します。対象になる医療費の範囲、10万円以下でも控除を受けられる条件、必要書類の準備方法、e-Taxでの申告手順まで、個人事業主が知っておくべき情報を網羅的にお伝えします。
さらに、セルフメディケーション税制との比較や、実際の計算例、よくある間違いなど、実務で役立つ具体的な情報も豊富に盛り込みました。医療費控除を正しく理解して、払いすぎた税金をしっかり取り戻しましょう。
※当記事は令和6年度（2024年度）税制に基づいて執筆しています。
医療費控除とは？制度の基本を理解する
医療費控除は、所得税法に定められた所得控除の一つです。1年間（1月1日〜12月31日）に自己または自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費が一定額を超えた場合、その超えた金額を所得から控除できる制度です。
医療費控除の計算式と控除額の上限
医療費控除額は以下の計算式で求められます。
医療費控除額 = （実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補填される金額） − 10万円
※総所得金額等が200万円未満の場合は、総所得金額等の5%
医療費控除の上限額は200万円です。どれだけ医療費がかかっても、控除できる金額は最大200万円までとなります。
たとえば、年間の医療費が30万円かかり、保険金などの補填が5万円あった場合、医療費控除額は以下のように計算されます。
- 実際に支払った医療費：30万円
- 保険金などで補填される金額：5万円
- 医療費控除額：（30万円 − 5万円） − 10万円 = 15万円
医療費控除で実際に戻ってくる税金の額
医療費控除は「所得控除」であり、控除額がそのまま戻ってくるわけではありません。控除額に税率をかけた金額が実際の減税額となります。
| 所得税率 | 医療費控除額15万円の場合 | 医療費控除額30万円の場合 |
|---|---|---|
| 5% | 7,500円 | 15,000円 |
| 10% | 15,000円 | 30,000円 |
| 20% | 30,000円 | 60,000円 |
| 23% | 34,500円 | 69,000円 |
| 33% | 49,500円 | 99,000円 |
さらに、住民税（一律10%）も軽減されるため、実際の節税効果はより大きくなります。たとえば所得税率20%の方が医療費控除30万円を受けた場合、所得税と住民税を合わせて9万円（所得税6万円+住民税3万円）の節税になります。
医療費控除の対象期間と申告期限
医療費控除の対象となるのは、その年の1月1日から12月31日までに実際に支払った医療費です。未払いの医療費は、実際に支払った年の医療費控除の対象となります。
医療費控除を受けるためには確定申告が必要です。申告期限は通常、翌年の2月16日から3月15日までですが、還付申告の場合は1月1日から5年間提出可能です。
医療費控除の対象になる費用・ならない費用
医療費控除の対象となる費用の範囲は、国税庁の通達やQ&Aで詳細に定められています。ここでは、個人事業主・フリーランスの方が特に知っておくべき対象費用と対象外費用を詳しく解説します。
診療・治療で対象になる費用
医療費控除の基本は「治療のための費用」です。以下の費用が対象となります。
- 医師・歯科医師による診療費・治療費：病院や診療所での診察料、検査料、手術料など
- 入院費用：入院時の部屋代、食事代（病院が提供するもの）
- 処方薬代：医師の処方箋に基づく薬代
- 市販薬（OTC医薬品）：風邪薬、胃腸薬、湿布など治療目的のもの
- 治療のための医療機器：松葉杖、補聴器、義歯、義足など
- あん摩マッサージ指圧師、はり師、きゅう師、柔道整復師による施術：医師の指示がある場合や治療目的の場合
- 助産師による分娩介助費用
- 介護保険制度下での施設サービス費・居宅サービス費：一定の要件を満たすもの
通院のための交通費も対象になる
見落としがちですが、通院のための交通費も医療費控除の対象となります。ただし、認められる交通手段には条件があります。
| 交通手段 | 対象可否 | 備考 |
|---|---|---|
| 電車・バス | ○ 対象 | 領収書がなくても記録があればOK |
| タクシー | △ 条件付き | 急病時や公共交通機関が使えない場合のみ |
| 自家用車のガソリン代 | × 対象外 | – |
| 駐車場代 | × 対象外 | – |
| 新幹線・飛行機 | △ 条件付き | 遠隔地での治療が必要な場合のみ |
| 付き添いの交通費 | △ 条件付き | 患者が子供や高齢で介護が必要な場合のみ |
電車やバスの交通費は領収書がなくても、通院日と経路、金額を記録しておけば医療費控除の対象となります。エクセルや専用アプリで記録を残しておくと便利です。
歯科治療で対象になる費用・ならない費用
歯科治療は高額になることが多く、医療費控除の対象になるかどうかが気になるポイントです。
- 虫歯や歯周病の治療費
- 抜歯費用
- 金歯、セラミック、インプラントなど、一般的に使用されている材料を使った治療
- 歯列矯正（子供の発育段階での不正咬合の矯正、成人でも機能改善のために必要な場合）
- 治療のためのクリーニング
- 美容目的の歯列矯正
- ホワイトニング（審美目的）
- 美容目的のセラミック治療
- 予防目的のクリーニング
インプラント治療は1本あたり30万円〜50万円と高額ですが、治療目的であれば医療費控除の対象となります。ただし、歯科ローンやクレジットカードの分割払いを利用した場合は、契約が成立した年の医療費として計上できますが、金利・手数料部分は対象外です。
妊娠・出産に関する費用
妊娠・出産に関する費用も多くが医療費控除の対象となります。
- 妊婦健診費用：健康保険が適用されない自己負担分
- 分娩費・入院費：出産育児一時金などを差し引いた自己負担分
- 不妊治療費：人工授精、体外受精などの費用
- 妊娠中の通院交通費：電車・バス代、やむを得ない場合のタクシー代
- 入院時の身の回り品：病院が用意する寝具や日用品のレンタル料
ただし、出産育児一時金（50万円）や高額療養費など、健康保険から支給される金額は医療費から差し引く必要があります。実際の自己負担額のみが医療費控除の対象となります。
▲ 医療費控除の対象になる費用・ならない費用を解説
対象にならない主な費用
以下の費用は医療費控除の対象外となりますので注意が必要です。
- 健康診断・人間ドック：病気が見つからなかった場合（病気が見つかり治療した場合は対象）
- 予防接種：インフルエンザワクチン、肺炎球菌ワクチンなど
- 美容整形：二重まぶた手術、脂肪吸引など
- レーシック手術：令和4年度税制改正により対象外に（それ以前は対象）
- メガネ・コンタクトレンズ：一般的な近視・遠視用（弱視の治療用は対象）
- 健康増進のためのサプリメント・ビタミン剤
- 疲労回復や健康維持のためのマッサージ
- 差額ベッド代：本人や家族の都合で個室を希望した場合
- 入院時の寝具・衣類の購入費：自分で用意したもの
医療費控除が10万円以下でも受けられるケース
「医療費控除は10万円を超えないと使えない」と思っている方が多いのですが、実は10万円以下でも医療費控除を受けられるケースがあります。これは個人事業主やフリーランスの方にとって非常に重要なポイントです。
総所得金額等が200万円未満の場合
医療費控除の計算式では、基準となる金額は「10万円」または「総所得金額等の5%」のいずれか少ない方です。
総所得金額等が200万円未満の場合、医療費控除の基準額は「総所得金額等×5%」となります。
例：総所得金額等150万円の場合 → 基準額は7.5万円（150万円×5%）
具体例で見てみましょう。
ケーススタディ1：総所得150万円のフリーランスWebデザイナーAさん
- 年間の総所得金額：150万円
- 年間の医療費：9万円
- 保険金などの補填：なし
医療費控除の計算：
- 基準額：150万円 × 5% = 7.5万円
- 医療費控除額：9万円 − 7.5万円 = 1.5万円
10万円以下の医療費でも、1.5万円の医療費控除を受けられます。所得税率5%の場合、750円の還付に加え、住民税も1,500円軽減されます。
「総所得金額等」に含まれるもの・含まれないもの
「総所得金額等」の計算を正確に理解することが重要です。個人事業主の場合、以下のように計算します。
| 項目 | 含まれる/含まれない | 備考 |
|---|---|---|
| 事業所得 | ○ 含まれる | 収入 − 必要経費 |
| 給与所得 | ○ 含まれる | 副業の給与も含む |
| 雑所得 | ○ 含まれる | 仮想通貨の利益なども含む |
| 不動産所得 | ○ 含まれる | – |
| 青色申告特別控除 | × 差し引く前 | 控除前の金額で計算 |
| 繰越損失の控除 | × 差し引いた後 | 繰越控除後の金額で計算 |
ケーススタディ2：青色申告65万円控除を受けるフリーランスエンジニアBさん
- 事業所得（青色申告特別控除前）：220万円
- 青色申告特別控除：65万円
- 青色申告特別控除後の所得：155万円
- 年間の医療費：8万円
医療費控除の計算：
- 総所得金額等：220万円（青色申告特別控除前）
- 基準額：10万円（220万円 > 200万円なので）
- 医療費控除額：8万円 − 10万円 = 0円（控除を受けられない）
このように、青色申告特別控除を差し引く前の金額で判定するため、控除後の所得が200万円未満でも、医療費控除の基準は10万円となるケースがあります。
赤字所得がある場合の計算方法
個人事業主で事業所得が赤字の場合や、不動産所得が赤字の場合は、損益通算や繰越控除の適用後の金額が「総所得金額等」となります。
ケーススタディ3：不動産所得が赤字のフリーライターCさん
- 事業所得：180万円
- 不動産所得：−50万円（赤字）
- 損益通算後：130万円
- 年間の医療費：8万円
医療費控除の計算：
- 総所得金額等：130万円（損益通算後）
- 基準額：130万円 × 5% = 6.5万円
- 医療費控除額：8万円 − 6.5万円 = 1.5万円
このように、赤字所得がある場合は総所得金額等が少なくなるため、医療費控除を受けやすくなります。
医療費控除に必要な書類と準備方法
医療費控除の確定申告をスムーズに進めるには、事前の書類準備が重要です。令和4年分の確定申告から、医療費控除の手続きがさらに簡略化されました。
必要書類一覧
医療費控除の申告に必要な書類は以下の通りです。
- 確定申告書（第一表・第二表）
- 医療費控除の明細書
- マイナンバー関係書類（マイナンバーカードまたは通知カード+本人確認書類）
- 医療費の領収書（5年間保管義務）
- 医療費通知（健康保険組合から送られる「医療費のお知らせ」）
- 交通費の記録
平成29年分の確定申告から、医療費の領収書の提出が不要になり、代わりに「医療費控除の明細書」を作成して提出することになりました。ただし、領収書は5年間自宅で保管する必要があります。税務署から求められた場合は提示しなければなりません。
医療費控除の明細書の書き方
医療費控除の明細書は国税庁のホームページからダウンロードできます。記入方法は以下の通りです。
自分、配偶者、子どもなど、医療を受けた人ごとに医療費を集計します。
「医療を受けた人」「病院・薬局などの名称」「医療費の区分」「支払った医療費の額」「保険金などで補填される金額」を記入します。
すべての医療費を合計し、保険金などで補填される金額を差し引いた金額を算出します。
医療費の区分は以下のように分類します。
- 診療・治療
- 介護保険サービス
- 医薬品購入
- その他の医療費
医療費通知（医療費のお知らせ）の活用方法
健康保険組合や協会けんぽから送られてくる「医療費通知（医療費のお知らせ）」を利用すると、明細書の記入を大幅に簡略化できます。
- 医療費の明細を個別に記入する必要がない
- 医療費通知に記載された金額を合計して記入するだけでOK
- 領収書の整理・集計の手間が省ける
ただし、医療費通知には以下のような注意点があります。
- 医療費通知に記載されるのは健康保険が適用された医療費のみ
- 自由診療、市販薬、交通費は含まれない
- 通知が届く時期は年末または翌年1月〜2月で、11月・12月の医療費が間に合わないことがある
- 医療費通知に記載されていない医療費は、別途明細書に記入する必要がある
医療費の領収書の整理方法
1年間の医療費の領収書を効率的に整理・保管する方法をご紹介します。
| 整理方法 | メリット | デメリット |
|---|---|---|
| 月別に封筒で管理 | シンプルで手間がかからない | 集計時に一つずつ確認が必要 |
| 人別に分類 | 家族それぞれの医療費が把握しやすい | 分類の手間がかかる |
| 医療機関別に分類 | 明細書作成がスムーズ | 医療機関が多いと管理が複雑 |
| Excelで管理 | 合計金額が自動計算できる、検索が容易 | 入力の手間がかかる |
| 家計簿アプリ | レシート撮影で自動入力、いつでも確認可能 | 医療費以外のデータも混在する |
おすすめは月別に封筒で管理し、年末にExcelで集計する方法です。日々の管理は簡単で、確定申告時にまとめて入力すればよいのでバランスが取れています。
交通費の記録方法
通院のための交通費は領収書がないことが多いため、別途記録を残す必要があります。以下の情報を記録しておきましょう。
- 通院日（年月日）
- 医療機関名
- 交通手段（電車、バス、タクシーなど）
- 経路（○○駅から○○駅まで）
- 金額
- 通院した人の氏名
Excelやスマホのメモアプリで記録を残しておくと便利です。タクシーを利用した場合は、やむを得ない理由も記載しておくとよいでしょう。
医療費控除の確定申告のやり方【e-Tax編】
医療費控除を受けるには確定申告が必要です。ここでは、最も推奨されるe-Tax（電子申告）での申告方法を詳しく解説します。e-Taxを利用すると、自宅から24時間申告でき、青色申告特別控除の最大65万円控除の要件も満たせます。
e-Taxで申告するための準備
e-Taxで医療費控除の確定申告をするには、以下のいずれかの方法があります。
- マイナンバーカード方式（最も簡単・推奨）
- ID・パスワード方式（マイナンバーカードがない場合）
- 会計ソフトから直接送信（freee、マネーフォワード、弥生などを利用）
マイナンバーカード方式の準備
マイナンバーカード方式で必要なものは以下の通りです。
- マイナンバーカード
- ICカードリーダライタまたはマイナンバーカード読み取り対応のスマートフォン
- パソコン（国税庁の確定申告書等作成コーナーを利用）
- マイナンバーカードの署名用電子証明書のパスワード（6〜16桁の英数字）
最近のスマートフォンの多くはマイナンバーカードの読み取りに対応しており、ICカードリーダライタを別途購入する必要がないため便利です。
▲ e-Taxでの医療費控除申告の手順を実演解説
国税庁の確定申告書等作成コーナーでの入力手順
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使った医療費控除の入力手順を、ステップごとに解説します。
国税庁のホームページから「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、「作成開始」ボタンをクリックします。
「e-Taxで提出 マイナンバーカード方式」を選択し、マイナンバーカードの読み取り環境を確認します。
マイナンバーカードをスマートフォンまたはICカードリーダライタで読み取り、利用者情報を取得します。
「所得税」を選択します。個人事業主の場合は「青色申告」または「白色申告」を選択します。
事業所得、給与所得などの収入・所得を入力します。会計ソフトを使っている場合は、そこから数値を転記します。
「医療費控除」の項目を選択し、「医療費控除を適用する」をクリックします。
医療費控除の詳細入力方法
医療費控除の画面では、以下の3つの入力方法から選択できます。
| 入力方法 | 特徴 | おすすめ度 |
|---|---|---|
| 医療費通知を利用する | 健康保険組合の医療費通知の金額を入力するだけ | ★★★（最も簡単） |
| 医療費の領収書から入力 | 領収書を1件ずつ入力（画面上で入力） | ★★（詳細管理したい場合） |
| 医療費集計フォームを利用 | Excelフォームをダウンロードして入力し、読み込む | ★★★（件数が多い場合） |
医療費通知を利用した入力方法
医療費通知（医療費のお知らせ）を手元に用意し、以下の情報を入力します。
- 医療費通知に記載された医療費の額：通知に記載された年間の医療費合計
- 生命保険や損害保険などで補填される金額：入院給付金、手術給付金など
- 医療費通知に記載されていない医療費：市販薬、交通費、自由診療など
医療費通知に記載されていない医療費がある場合は、別途「医療費の明細」として追加入力します。
医療費集計フォームを利用した入力方法
医療費の件数が多い場合は、医療費集計フォーム（Excelファイル）を利用すると効率的です。
- 国税庁のホームページから「医療費集計フォーム」をダウンロード
- Excelで医療費の明細を入力（医療を受けた人、病院名、医療費の区分、支払額など）
- 保存したファイルを確定申告書等作成コーナーで読み込む
- 自動的に合計金額が計算され、医療費控除額が算出される
医療費控除額の自動計算と確認
医療費の明細を入力すると、システムが自動的に以下を計算します。
- 支払った医療費の合計額
- 保険金などで補填される金額
- 差引金額
- 医療費控除の対象となる金額（10万円または所得金額の5%を差し引いた額）
計算結果を確認し、問題なければ「入力終了」をクリックして次に進みます。
社会保険料控除、生命保険料控除、配偶者控除など、他の所得控除も忘れずに入力します。
すべての入力が完了すると、納税額または還付金額が自動計算されます。還付金がある場合は、振込先の口座情報を入力します。
マイナンバーカードで電子署名を行い、e-Taxで送信します。送信が完了すると、受信通知がメールで届きます。
送信後は、「送信票兼送付書等印刷」から申告書のPDFをダウンロードし、保存しておきましょう。
会計ソフトから直接e-Tax送信する方法
freee、マネーフォワード、弥生などの会計ソフトを利用している個人事業主の方は、会計ソフトから直接e-Taxで送信することもできます。
詳しくはfreee vs マネーフォワード vs 弥生｜個人事業主向け会計ソフト徹底比較2024の記事で各ソフトの機能を比較していますので、ご参照ください。
- 事業所得の計算から確定申告までワンストップで完結
- データの入力ミスが減る
- 医療費控除の入力も会計ソフト内で完結
- 過去のデータを自動で引き継げる
freee確定申告の評判は？実際に使った個人事業主100人の口コミ調査の記事では、実際の利用者の声を詳しく紹介していますので、会計ソフト選びの参考にしてください。
医療費控除の確定申告のやり方【書面提出編】
e-Taxを利用できない、または利用したくない場合は、紙の申告書を作成して税務署に提出する方法もあります。ここでは書面での確定申告の方法を解説します。
必要な書類の入手方法
書面で確定申告をする場合、以下の書類が必要です。
- 確定申告書（第一表・第二表）
- 青色申告決算書または収支内訳書（個人事業主の場合）
- 医療費控除の明細書
これらの書類は以下の方法で入手できます。
- 税務署で入手：最寄りの税務署で無料配布しています
- 国税庁のホームページからダウンロード：PDFファイルを印刷して使用
- 確定申告書等作成コーナーで作成：入力後にPDFで出力し、印刷
おすすめは、国税庁の確定申告書等作成コーナーで入力してPDF出力する方法です。自動計算されるため計算ミスが防げ、書き損じもありません。
確定申告書の記入方法
確定申告書の記入